前作との変更点

まず発売前から発表されている、または説明書に載っている違いを。

Emotional Voice System
本作の注目点。キャラクターがプレイヤーを直接名前で自然に読んでくれる、画期的なシステム。陽ノ下・麻生以外のキャラはアペンドディスク（別売）が必要。
各キャラクターの能力の増減
前作との一番の違いとも思われる。プレイヤーと同じように各キャラクターもコマンドを実行し、パラメータを上げていく。これによって、いつも違った環境でプレイできます。
卒業後の進路
上との関連ですが、各キャラクターの卒業後の進路がプレイごとに変化します。
各キャラクラーの進路はエンディングで紹介されます。
幼年期での１週間
小学２年の１週間の思い出作りが高校生活のさまざまなところに影響します。
ポケステ対応
登場キャラクターがアラーム時刻を音声で知らせてくれるポケステ用「ポケメモ」入り。
呼び名変更
下校時に呼び止めるときなどに、呼び名を変えることが出来ます。
各所でポリゴンの使用
コマンド実行画面やミニゲームなど、さまざまな場面でポリゴンが使われています。

さらに、説明書に出ていない前作から変更された点はこちら。（ネタバレ多少有り）

恋の手助け
ほかの男性キャラクターの恋の手助け（Wデートなど）をすることがあります。
女の子同士の友情
女の子同士にも仲が良い・悪いがあり、それが影響するようです。たとえば、仲が悪い娘と主人公が仲良くしているとすぐに爆弾がつくなどです。
爆弾出現の減少
出会ってもあまり仲良くしていない女の子は、ほっといても爆弾がつきにくくなっています。よって、たくさんの女の子を出しても爆弾処理に悩ませられることが少なくなっています。
クラスがえ
クラスがえをすることによって新たな人と同じクラスになり、体育祭や修学旅行、文化祭に影響します。
転校・退学
ストーリー中にキャラクターが転校・退学してしまうことがあります。
デート帰りに寄り道
デートの帰りに喫茶店へ寄り道することがあります。
通販
ひびきのウォッチャーの左に出ている電話番号に電話をかけるとそこに書かれているものを買うことが出来ます。
これに関連したイベントも…